Прошел год с начала Войны Клонов, которая охватила всю галактику. Сепаратисты добились значительных успехов, что указывает на наличие у них информаторской сети на Корусканте, столице республики.

Для противодействия этой угрозе и обеспечения конфиденциальности на Корускант направляют отряд клонов-коммандо республики, которые год назад успешно провели операцию на планете Квиилура.

Сражение на Геонозисе стало ключевым событием в начале Войн Клонов и война продолжает распространяться на новые планеты. На Квиилуре доктор Утан разрабатывает вирус, способный уничтожить клонов, но планета находится под контролем сепаратистов. Республиканские коммандо и джедайка Этейн отправляются туда, чтобы остановить разработку вируса и предотвратить угрозу для армии Республики.