Меры по уничтожению крыс в Лондоне оказались неэффективными, а все из-за халатности и жадности отдельных людей. И теперь события первого Нашествия повторяются. Но на этот раз крысы стали умнее и уже почти не реагируют на ультразвук, да и яды не помогают. Кроме того двухголовые лысые мутанты появились снова, чтобы продолжать руководить своими сородичами — черными крысами, появившимися на свет из-за мутаций, вызванных последствиями ядерных испытаний.

Теперь Пендеру, сотруднику компании Крысолов, предстоит найти логово черных крыс в лесу, чтобы уничтожить раз и навсегда непрошеных гостей.

Крысы, ранее незаметно жившие в норах, стали все смелее и смелее, однажды попробовав человеческого мяса, они поняли, что люди — довольно слабая дичь. Причем в поведении крыс наступили перемены — более крупные черные особи казалось руководят своими меньшими собратьями. После нескольких случаев нападения крыс на людей с летальным исходом в Лондоне объявлено чрезвычайное положение.

Обычному школьному учителю Харрису предстоит выяснить причины в изменении поведения крыс и добраться до истоков всей этой истории.